Unmittelbar nördlich von Bischofsheim beginnt die Hohe Rhön. Wegen der mächtigen Buchenwälder ursprünglich als Buchonia bezeichnet, kam allein für dieses Gebiet im 12. Jhd. der Name Rhön auf.

Da der Begriff erst viel später auch auf das angrenzende Umland angewandt wurde und Bischofsheim höchstwahrscheinlich schon sehr viel früher gegründet wurde, führt Bischofsheim auch heute noch den amtlichen Zusatz "an der Rhön", obwohl es mitten in der Rhön liegt.

Der genaue Zeitpunkt, wann Bischofsheim entstand, ist bis heute nicht mit Sicherheit zu belegen. Die ältesten vorhandenen Urkunden stammen aus dem Beginn des 13. Jhd. Funde aus der Keltenzeit bekunden jedoch, dass Bischofsheim viel älter ist, als die Geschichtsquellen behaupten. Es gehört wahrscheinlich zu den ältesten Siedlungen im Brendtal und wird in die Zeit der Landnahme durch die Franken eingeordnet (8. Jhd.).

Bis vor kurzem nahm man an, dass die Namensgebung auf den Hl. Bonifatius zurückgeht. Von Fulda aus, wo er im Jahr 744 ein Benediktinerkloster errichtete, führte der Weg des Bischofs nach Salz zwangsläufig über Bischofsheim, da es damals nur eine Nord-Süd-Verbindung gab: den sogenannten Ortesweg. In Salz weilte Bonifatius nachweislich oft auf dem Königsgut der Karolinger, bei denen er hoch in der Gunst stand. Man vermutet, dass er hier Rast machte und zu diesem Zwecke eine Siedlung gründete: Bischofsheim. In der 2010 neu erschienenen Chronik (erhältlich im Buchhandel, in der Stadtverwaltung und in der Tourist-Info für 29,80 €) wird der Ortsname jedoch eher als Heim des Würzburger Bischofs interpretiert.